Der Begriff Sexualpräferenz wird meist nur für solche sexuellen Vorlieben oder Neigungen gebraucht, die als "abweichend" angesehen werden können.Man unterscheidet nicht-pathologische, d. h. harmlose, gesunde Sexualpräferenzen und pathologische, d. h. krankhaft gestörte Sexualpräferenzen. Letztere werden als Paraphilien bezeichnet und sind dadurch definiert, dass sie sich auf unbelebte Objekte, auf Schmerz, Demütigung und/oder auf nicht einwilligende bzw. nicht einwilligungsfähige Personen wie z. B. Kinder beziehen, und dass sie in klinisch bedeutsamer Weise Leiden oder Beeinträchtigung bei der betroffenen Person oder ihrem Opfer hervorrufen.Von der Sexualpräferenz oder sexuellen Neigung zu unterscheiden ist die sexuelle Orientierung, die sich auf das Geschlecht der bevorzugten Liebes- oder Sexualpartner bezieht. Diese Unterscheidung ist in Psychologie, Psychiatrie und Sexualwissenschaft grundlegend. Sexualpräferenz und sexuelle Orientierung sind zwei voneinander unabhängige Dimensionen; ob jemand BDSM mag, ist z. B. unabhängig davon, ob er oder sie hetero-, homo- oder bisexuell ist. Die Sexualpräferenz ist damit eine Ergänzung zum Begriff der sexuellen Orientierung. Die sexuellen Wünsche und Verhaltensweisen einer Person lassen sich so charakterisieren durch Kombination (1) ihrer sexuellen Präferenz(en) mit (2) ihrer sexuellen Orientierung. In neuerer Zeit wird der Versuch gemacht, als dritte Dimension die "sexuelle Ausrichtung" einzuführen, die sich auf das Alter der bevorzugten Sexualpartner bezieht; dieser Ansatz ist aber bisher nicht etabliert.